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一般我們認為的基因合成是合成DNA雙鏈，體外轉(zhuǎn)錄只是獲得RNA的一種方式，相比化學合成純度更高。所以pull-down實驗一般是體外轉(zhuǎn)錄得到目的RNA。RNA pull down實驗選輝駿生物,10年經(jīng)驗，協(xié)助客戶成功發(fā)表高分文章

通常ChIP實驗過程產(chǎn)生3份DNA產(chǎn)物，Input、IgG產(chǎn)物、IP產(chǎn)物。Input是染色質(zhì)片段化后提取獲得的總DNA、未經(jīng)抗體加入免疫沉淀過程，IgG組這是用實驗抗體的同型陰性對照抗體、作為mock IP，IP產(chǎn)物即是以實驗抗體獲得的免疫沉淀產(chǎn)物。

RNA pull down?銀染后條帶背景深需考慮是不是SDS-PAGE染色時間過長或者抗體的質(zhì)量問題，多克隆抗體經(jīng)常會出現(xiàn)這種情況，最有可能的情況是樣品中包含的非特異性蛋白太多了，針對這一點，有以下解決措施： 1.優(yōu)化孵育時間、溫度、鹽濃度等條件； 2.優(yōu)化緩沖體系，使用嚴謹性高的緩沖體系； 3.提高裂解液的質(zhì)量。

溴芬蘭是常用的顏色顯示劑，同時也是一種重要的PH指示劑，在堿性條件下顯藍色，酸性條件下顯黃色。在等電聚焦過程中，溶液中的痕量溴芬蘭也被聚焦，形成藍色條帶并逐漸向酸性移動，同時顏色逐漸變黃。